Jungfru Marie nycklar är en ofta tämligen högväxt orkidé som kan bli nästan en halv meter hög. Bladen är ganska breda och trubbiga med en största bredd i eller framför mitten,
vanligen blågrönaktiga på undersidan och med tydliga mörka fläckar på ovansidan. Jungfru Marie nycklar blommar i juni-juli, blommorna är mörkt till ljust rosa, ibland vitaktiga och sitter i en tät blomställning, som kan vara jämnbred eller mer eller mindre spetstoppig. De yttre kalkbladen är utåtriktade och läppen treflikig med mörkare teckningar. Stödbladen är i
förstoring fint sågade i kanten. Det är en variabel art som förekommer med ett par underarter i vårt land. På kalkfattig mark dominerar huvudunderarten Jungfru Marie nycklar (ssp. maculata)
som är en tetraploid (2n=80) med fyrdubbel kromosomuppsättning. Den har jämnbred blomställning med rundad topp och blommor med grunt flikig läpp.
På rikare marker och i kalktrakter dominerar underarten skogsnycklar (ssp. fuchsii (Druce) Hyl.) som kännetecknas av spetstoppig blomställning och blommor med djupt treflikad läpp och stor mittflik. Denna underart är diploid och har endast hälften så många kromosomer som huvudunderarten (2n=40) och betraktas ibland som en särskild art. Övergångsformer mellan dessa två underarter är vanliga och i fjälltrakterna finns dessutom avvikande populationer som skulle kunna utgöra en tredje underart.
