Kärrknipprot är en medelstor, flerårig orkidé som har en krypande underjordisk jordstam. Stjälken kan bli upp till en halv meter hög och är körtelhårig upptill. Bladen är stjälkomfattande,
brett lansettlika med grova nerver. Kärrknipprot blommar i juli-augusti med stora blommor som sitter i en ensidigt vänd, fåblommig klase. Blommorna har grönaktiga eller
rödbruna kalkblad och vit läpp med gula teckningar. Läppen är ledad och utskjutande, med en skålformig inre del och en stor något kruskantad yttre del.
Kärrknipprot kan vara svår att upptäcka då den inte blommar, trots att den ofta växer i stora bestånd. Blommande exemplar känns lätt igen på den vita, utskjutande och ledade läppen.
