Flugblomster är en flerårig orkidé med insektsliknande blommor som sitter i ett glest ax. Stjälken blir bara ett par decimeter hög och har ett fåtal blad som är blåaktigt gröna och avlånga.
Flugblomster blommar i juni-juli och har mycket speciella blommor som liknar steklar. De yttre kalkbladen är gulgröna och breda, medan de inre är brunröda, håriga, trådsmala,
snett uppåtriktade och ser ut som antenner. Blommans läpp är kluven och har upptill två sidoflikar, den är brunröd och hårig men har i överdelen en kal blågrå fläck som har tolkats
som ljusreflexen hos ett par hopfällda insektsvingar.
